Η κατάκτηση της Πέλλας από τους Ρωμαίους το 168 π.Χ, οι οποίοι την έπληξαν απογυμνώνοντας την από τον πλούτο της, δε σταμάτησε τη ζωής της, ούτε και μετά το 148 π.Χ., όταν πρωτεύουσα της Μακεδονίας ορίστηκε πλέον η Θεσσαλονίκη. Στο τέλος όμως της δεύτερης δεκαετίας του 1ου αι.π.Χ. δεν υπάρχει οργανωμένη πόλη. Αιτίες είναι ένας μεγάλος σεισμός και οι επιδρομές των βόρειων γειτόνων.
Το 30 π.Χ ιδρύεται η Ρωμαϊκή Πέλλα από τον πρώτο Ρωμαίο αυτοκράτορα τον Οκταβιανό Αύγουστο, ανατολικά της σημερινής Νέας Πέλλας, γύρω από μια πλούσια πηγή νερού που ακόμα και σήμερα η παράδοση αποκαλεί "Λουτρά του Μεγάλου Αλεξάνδρου".
Τη Ρωμαϊκή Πέλλα διέσχιζε η αρχαία Εγνατία οδός που ένωνε την Ανατολή και τη Δύση με 800 χλμ διαδρομή. Η θέση της ρωμαϊκής αποικίας επιλέχτηκε για τους ίδιους λόγους που η Πέλλα έγινε στις αρχές του 4ου αι. π.Χ. πρωτεύουσα του Μακεδονικού κράτους, λόγω της στρατηγικής της θέσης. Η Colonia Pellensis ή Pella αν και έκοβε δικό της νόμισμα και απέκτησε πολιτικό και οικονομικό χαρακτήρα, δεν απέκτησε την ακτινοβολία της Αρχαίας Πρωτεύουσας.
Η Ρωμαϊκή Πέλλα στο τέλος του 3ου αι μ.Χ. μετά τις επιδρομές των Ερούλων και των Γότθων αναδιοργανώνεται από τον Διοκλητιανό, περιορίζεται στο βόρειο τμήμα της και μετονομάζεται σε Διοκλητιανούπολη, όπως μας πληροφορούν τα οδοιπορικά της Εγνατίας Οδού και ο τίτλος των Επισκόπων της. Ακμάζει ιδιαίτερα κατά τα παλαιοχριστιανικά χρόνια, όπως διαπιστώνεται από την επισκοπική βασιλική εκκλησία που αποκαλύφθηκε. Η Πέλλα παρά τα ολέθρια αποτελέσματα βαρβαρικών επιδρομών παρουσιάζει μια τελευταία αναλαμπή τον 6ο αι. Κατά τον 7ο αι έλλειψη κάθε αναφοράς για την Πέλλα οδηγούν στο συμπέρασμα ότι πλέον δεν υπάρχει οργανωμένος οικισμός.
Το όνομα της Πέλλας σε πολλές γραπτές αναφορές από τον 9ο αι και μετά ταυτίζεται με το Σλάνιτσα που είναι έδρα επισκοπής. Η ύπαρξη ευημερούσας πόλης αποκαλύπτεται από τα νομίσματα και από άλλα ανασκαφικά ευρήματα. Η επισκοπή της Σλάνιτσας- Πέλλας μετά την Τουρκοκρατία συγχωνεύεται με την επισκοπή Βοδενών-Έδεσσας. Αυτός ο διπλός τίτλος ήταν σε χρήση μέχρι τις αρχές του 20ου αι.